R语言多线程加速 通常情况下,R语言只能使用一个线程来进行计算,因此计算的速度及其感人! 最近刚好有一个需求:我有一个参考数据表,里面存放了30万条基因的名称和位置信息,现在我想从里面找到指定的6000个基因的位置信息。 最简单的方法是用两层for循环进行迭代,一分钟写出以下代码: for (i i
今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程,适用于初学者入门阅读,从原始测序数据开始,经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤,最终获得基因表达信息。本文所有数据都经过特殊修改,仅供学习参考使用。 转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物,广义的转录组包括信使RNA,核
显著性标记箱线散点图 本篇笔记的内容是在R语言中利用ggplot2,ggsignif,ggsci,ggpubr等包制作箱线散点图,并计算指定变量之间的显著性水平,对不同分组进行特异性标记,最终效果如下。 加载R包 library(ggplot2)
library(ggsignif)
library(
Pheatmap绘制基因表达量热图 论文中展示基因表达量变化通常使用热图,今天分享一个快速绘制不同基因在各处理下表达量变化的方法,使用R语言中pheatmap包,它可以用于可视化数据集中的数值,以便更好地理解数据之间的关系和模式。 创建环境与示例数据 加载R包 library(tibble)
lib