利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法

利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中,在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释,对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件,snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释,使用时需要先进行安装,然后构建参考基因

总结丨SGAT单基因关联分析工具,一文上手使用

总结丨SGAT单基因关联分析工具,一文上手使用

SGAT是一个免费开源的单基因分析工具,基于Linux系统实现自动化批量处理,能够快速准确的完成单基因和表型的关联分析,只需要输入基因型和表型原始数据,即可计算出显著关联的SNP位点,并自动生成结果报告。 前段时间陆续的分享了SGAT(Single Gene Analysis Tool)的相关介绍,