GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化 根据GWAS得到的Rresult文件信息，能够找出每个snp位点对应的显著性情况和基因变异信息，接下来，需要根据表格中的信息进行归纳总结，对不同显著性层次进行区分，找出可能性最大的点，过程比较繁琐。 这里笔者分享一个算法，使统计SNP和变异类型变的更
利用GAPIT进行GWAS分析的方法 引言 GAPIT是张志武老师开发的基于R语言的GWAS分析工具，能够根据表型和基因型数据自动进行不同模型的全基因组关联分析，网上有很多公开的教程。本文提供一种方法，进行单基因GWAS分析。 主要步骤 加载分析环境 导入数据 选择模型并开始分析 结果提取 项目运行
根据变异位点设计引物序列 今天碰到一个新问题：假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游100bp的序列找出来放在差异位点前后位置，得到一个序列文本，用于设计引物
今天笔记的内容是R语言中绘图相关的基础知识，绘制简单的饼图、条形图。 饼图怎么画？ R语言中pie（）函数用于绘制饼状图，需要准备向量数据、标签、调色板等信息，然后利用函数生成图片，语法格式为： pie(
x, #数值向量，饼状图中每块面积大小
labels = names(x), #字符向量，各